在雞腿菇生長過程中，由于不適宜的環境條件，或沒有發酵的培養料，或是采菇后沒有及時清理等諸多原因，都會導致發生病蟲害，要求每個管理人員，一定要有嚴格、衛生、保量的完成每個操作過程，棚內場地常撒石灰，發料一定要熟透拌勻，覆土要干凈，用水要衛生，用清潔水，通風良好，棚內空氣新鮮，都會減少病蟲害發生。一旦發生有菌蠅、線蟲，用菇蟲凈、高效氯氰菊脂噴霧或灌食鹽水，雞腿菇表面出現斑點，要多通風，少上水，用噴重康寧或百菌清克霉靈噴霧，以便要做到早預防早治療，這樣病蟲害發生是完全可以控制的。