一、裝料、滅菌、接種：一般采用聚丙烯或低壓高密度聚乙烯袋，長33-38cm，寬17cm。每袋含0.3-0.35kg物料，裝載高度約占袋長的3/5。填充時應將材料壓實，袋子邊緣不得留有裂縫，材料表面應光滑，然后套上頸圈，用一個中間有一個洞的塑料薄膜和三層報紙密封起來。也可將袋口折兩道，并用塑料繩直接捆綁袋子。
高壓或大氣壓下的滅菌是例行的，冷卻后接種。對于那些在袋口有頸圈的，一瓶菌種可以收到30到40袋。接種后，無菌和干燥的報紙應更換為濕報紙。在直接用繩子密封的培養袋中，應增加接種量，并在20-25袋中接種一瓶菌種。接種后，袋口只折疊一次，繩子不要綁得太緊，以免發芽。
二、菌絲培養：培養袋放置在22-24攝氏度，培養箱要求黑暗、干燥、通風。培養袋口向上，單層排出，袋與袋之間應有間隙。菌絲培養時，應保持溫度，當溫度較高時，應在中午進行通風。在適宜的溫度下，菌絲在接種后2～3天開始萌發，接種后30～40天菌絲長滿袋。接種后7～8天菌絲生長封閉后，用縫紉針在包袋結扎處打20個小孔通風。在培養過程中，應注意改變培養袋的位置，以加快菌絲的傳播，促進每個培養袋中菌絲的均勻生長。此外，受細菌污染的培養袋應及時取出，并根據污染程度分別放置或銷毀。
三、催蕾：當菌絲生長到培養物的9/10，材料表面的菌絲為雪白，分泌黃色液滴時，將培養袋移入培養棚室，垂直緊密排出，每排6-8袋，水平和垂直取決于菌絲長度。每排之間有30-40厘米的走道，便于管理和收割。一般來說，塑料溫室可以垂直放置四排。排袋后，取下頸圈或解開綁繩，打開袋子開口，沿袋子周邊向上拉袋子。確保袋壁筆直，防止“葫蘆形”開袋。
催蕾期，培棚室溫度控制在13～15℃之間，當環境溫度偏高時，白天應關閉門窗，夜間加強通風，利用夜間低溫降低棚室溫度。11月下旬，如果氣溫偏高，可以抓緊時間把袋子搬到棚子里，在寒流到來時促進芽的生長。在氣溫較低的時候，白天要充分利用較高的溫度，提高室溫，晚上要關好門窗，防止氣溫下降。空氣相對濕度應提高到80%至85%。可用噴霧器對著袋口噴霧補濕，至不積水為度，地面、架面都應噴濕。然后噴涂黑色薄膜或普通地膜2米寬并覆蓋袋口，地膜不能損壞。
塑料膜懸掛在邊緣層菌袋的外壁上，附著在菌袋的外壁上，為出菇創造了良好的小氣候。催蕾時，噴灑水分，經常滋潤地面和空間。通風應結合保濕、棚室內通風，每天2-3次，膜揭通風1次，以保持袋內一定量的新鮮空氣。為防止風直接吹進袋內，應先打開門通風30分鐘，然后揭膜通風20分鐘。此外，還應保證一定的散射光或間歇可見光。一般情況下，經過6-10天的培養，料面會產生一層菇蕾。
四、低溫育菇：為了獲得符合商業要求的金針菇，菇蕾發生后，棚室的溫度應進一步降低到8-12℃。低溫可以抑制菇的生長速度，提高菇叢間的均勻性和分枝率。低溫下培養的小菇組織致密，莖粗，能支撐菇體向上伸長。空氣相對濕度應達到85%-90%。
膜式通風應每天清除一次，以保持菌袋內有足夠的新鮮空氣，促進菌帽的分化，避免“針狀菇”的發生。為了防止菇體過早著色，需要遮光或弱光管理。低溫栽培小蘑菇的標準是：沒有傘，蘑菇蓋不能成型，直徑0.2-0.5厘米，柄部牢固，長度2-3厘米，菇叢高度相對一致，菇體色較淺。
五、伸長期的管理：伸長期管理的關鍵是將棚室的溫度控制在11-15攝氏度，其次是保持高空氣濕度。第三，增加袋中二氧化碳的濃度。這可以促進莖的快速伸長，抑制帽的生長。管理措施：首先，在寒冷的冬季，要注意保溫，避免溫度降到0攝氏度以下，晚上或早上不要通風。
此外，還要增加灑水次數，將栽培棚室空氣相對濕度提高到90%-95%。噴水時，向地面噴水以減少空間噴水量。同時減少通風，防止開傘，每隔一天可以通風一次。收獲前2至3天應停止通風，以減少噴水。
六、收獲：當莖長出袋外，莖長18-20厘米時，應及時收獲。早晚收獲會影響金針菇的產量和品質。只有及時收獲，才能獲得高產優質的商品菇。優質商品菇的標準是：菌柄直立，脆嫩，色白，長18-20厘米；蓋小，無傘。在棉籽殼上栽培的金針菇從接種到收獲通常需要50到60天。
七、轉潮管理：金針菇每次栽培可收獲3-4潮菇，菇的產量主要集中在前兩潮。轉潮時間約為15天。退潮速度與退潮管理、品種等因素有關，尤其與環境溫度有關。在蘑菇生產的溫度范圍內，高溫快速轉潮，低溫緩慢轉潮。
八、清料：在蘑菇生產后期，由于金針菇菌絲自身的自然衰退和病蟲害的加重，以及氣溫的升高，生產幾乎沒有經濟價值。在這個時候，我們應該清理和結束種植。清料是金針菇栽培的結束，及時清料有利于菇場的消毒、凈化和菌糠培養物殘渣的再利用。剩余的金針菇菌絲體含有較多的蛋白質和其他營養物質。將30%-50%的無公害金針菇菌絲體與新的培養材料混合后，可重新培養金針菇。也可用于草菇、平菇、雞腿菇等栽培。
